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Photo Henri Kniffke - Voir géolocalisation
La présence d’Hathor se retrouve à de nombreuses reprises dans l'île : dès l'entrée par la rive sud, la déesse accueille dans le petit portique de Nectanebo où elle figure sur le chapiteau des colonnes, tout comme sur celles du mammisi du grand temple d'Isis ainsi que sur les pylônes et les murs des édifices. Cette omniprésence fait penser qu’Hathor devait probablement être, avec Isis, la déesse tutélaire du sanctuaire de Philae, et qu’Isis ait fini par la supplanter à la Basse Époque.
Ce petit sanctuaire est construit à l’est du grand temple d’Isis par Ptolémée VI Philométor (181–145) et Auguste y fera réaliser des décors. On y retrouve en effet, sur les colonnes des reliefs, des génies faisant de la musique, des prêtres jouant de la double flûte, un singe jouant du luth, un dieu de la joie, Bès, jouant du luth et dansant, l’empereur Auguste faisant offrande à Hathor, ainsi qu’un cartouche de la célèbre Cléopâtre (51-30 av. J.-C.).